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Comme indiqué sur le forum En Security vulnerabilities question
Si un fichier *.phar est "uploader" par FilePicker il y a un risque. .Il en est de même si le fichier *.phar est "uploader" par le Gestionnaire des fichiers.
Il est bien sur évident que pour effectuer cette opération il faut être logué en Admin, mais il y a un risque mimine quand même !

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Pour information ma réponse sur le forum En
La sécurité existe (si le mode développeur n'est pas activé) pour les fichiers PHP pourquoi pas pour les fichiers PHAR ?